FUNCIONARIO REGISTRADO EM EMPRESA INAPTA

Bom dia, estou com uma situação de uma cliente, que tinha uma empresa muito antiga e parou de movimentar essa empresa, porém não baixou o CNPJ, mandou embora todos os funcionários porém ficou um registrado sem o empresario saber desse registro, como faço para realizar a baixa dessa funcionaria agora? 

Bom Dia , Um CNPJ inapto não pode demitir, contratar ou enviar a folha de pagamento para o eSocial. Para resolver isso, você deve consultar as pendências no Portal e-CAC, entregar as declarações atrasadas, pagar as multas e, só então, regularizar a situação dos funcionários.

Bom dia, Alexanre. E para baixar a funcionaria eu devo enviar a admissão ao esocial e a rescisão em seguida ou devo fechar a folha de pagamento retroativa?

Apos deixar a Empresa Apta novamente , tera  enviar o cadastro desse trabalhador primeiro ao e social ,depois gerar as folhas desde que começou a Obrigaçao do E-SOCIAL , o que vai gerar FGTS e INSS desse trabalhador, confirmar que todos os meses estao encerrados no e-social , e depois fazer a rescisao normalmente, ai vai constar a baixa dele no e-social e na CPTS Digital. 
agora precisa ver certinho a data de Admissao ,pois dependendo da data sera informado em SEFIP alguns meses e talvez parte no E-social. de qualquer forma a data de baixa sera pelo e-social.   
a menos que a data da baixa seja retroativa , ou seja antes do E-social , se for o caso ai a baixa se da pela Sefip, e baixa normal na carteira de trabalho.  

Eloise,
Você menciona que "ficou" um funcionário registrado. Mas ele foi "demitido", junto aos demais e esqueceram apenas de fazer a baixa? Ou não foi feita a rescisão dele?